Yên Khánh là huyện đồng bằng được phù sa bồi đắp của sông Đáy nằm ở phía đông, nền kinh tế thế mạnh chủ yếu của huyện là nông nghiệp. Yên Khánh cũng là một huyện có tài nguyên nhân lực lao động dồi dào. Phần lớn vẫn phải làm việc tại các nơi khác.

Từ năm 2007, huyện Yên Khánh phát triển mạnh mẽ các khu công nghiệp nằm ở các xã Khánh Phú, Khánh An để thúc đẩy phát triển kinh tế. Thị trấn Yên Ninh nằm trên quốc lộ 10, nối thành phố Ninh Bình và huyện Kim Sơn. Yên Khánh nằm cạnh khu công nghiệp Khánh Phú và cảng Ninh Phúc rất thuận lợi giao lưu kinh tế nội tỉnh.

Yên Khánh có các chợ sau là được xếp hạng chợ loại 3 ở Ninh Bình:

- Chợ Cát - Thôn 8 - Xã Khánh Trung,

- Chợ Dầu - Xóm Chợ - Xã Khánh Hoà,

- Chợ Ninh - Phố 2 Thị Trấn Yên Ninh, (Năm 2016 UBND tỉnh Ninh Bình có Quyết định hạ hạng chợ Ninh thành chợ hạng 3 giao UBND thị trấn Yên Ninh quản lý)

- Chợ Khánh Hồng - Xóm 3 - Xã Khánh Hồng,

- Chợ Khánh Thành - Xóm 4 - Xã Khánh Thành,

- Chợ Nhạc - Xóm 3 - Xã Khánh Nhạc,

- Chợ Trung - Xóm 9 - Xã Khánh Mậu,

- Chợ Chùa - Xóm Chùa - xã Khánh Hội;

- Chợ Vệ - Thôn Phú Tân - Xã Khánh Phú,

- Chợ Xanh - Xóm Chợ - Xã Khánh Thiện,